Atualmente, o Brasil tem uma das epidemias de SARS-CoV-2 de mais rápido crescimento no mundo. Devido aos limitados dados disponíveis, as avaliações do impacto de intervenções não farmacêuticas (NPIs) na disseminação de vírus continuam desafiadoras. Usando um modelo de transmissão orientado à mobilidade, mostramos que os NPIs reduziram o número de reprodução de> 3 para 1–1,6 em São Paulo e no Rio de Janeiro. O seqüenciamento de 427 novos genomas e a análise de um conjunto de dados genômicos geograficamente representativos identificaram> 100 introduções internacionais de vírus no Brasil. Estimamos que a maioria (76%) das cepas brasileiras caiu em três categorias introduzidas na Europa entre 22 de fevereiro e 11 de março de 2020. Durante a fase inicial da epidemia, descobrimos que o SARS-CoV-2 se espalhava principalmente nas fronteiras locais e dentro do estado. Após esse período, apesar das fortes quedas nas viagens aéreas, estimamos várias exportações de grandes centros urbanos que coincidiram com um aumento de 25% na distância média percorrida em vôos nacionais. Este estudo lança uma nova luz sobre a transmissão epidêmica e as trajetórias evolutivas das linhagens de SARS-CoV-2 no Brasil e fornece evidências de que as intervenções atuais permanecem insuficientes para manter a transmissão do vírus sob controle no país.
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